Le FEU travaille en collaboration avec plusieurs églises protestantes évangéliques :
À Besançon
Église Protestante Évangélique « La Bonne Nouvelle » de Besançon
13 rue Xavier Marmier, 25000 Besançon
Culte le dimanche à 10h15
Bus :
- en journée la semaine, ligne 15 arrêt Trépillot
- le soir et le dimanche, ligne 3 arrêt Gibelotte
Église Protestante Évangélique Baptiste de Besançon
175 rue de Belfort, 25000 Besançon
Tram Croix de Palente
Culte le dimanche à 10h00
eglisebaptistebesancon.fr/
En Franche-Comté
Église Évangélique Action Biblique du Pays de Montbéliard
34 rue du cordonnier, 25460 Étupes
Culte le dimanche à 10h00
www.ab-etupes.org
Église Protestante Évangélique de Dole
35 av. Léon Jouhaux, 39100 Dole
Culte le dimanche à 10h00
www.epe-dole.com
Église Évangélique du Chêne (Luxeuil)
14 allée Maroselli, 70300 Luxeuil les Bains
Culte le dimanche à 10h00
http://eeclux.wordpress.com
Église Évangélique de Champagnole
Espace associatif, 20 avenue Édouard Herriot, 39300 Champagnole
Culte le dimanche à 10h00
http://www.uncoeurpourchampagnole.fr/